Kapitein Van der Vegte werd op 18 februari 1845 in Zwolle geboren. Zijn vader heette ook Willem Levinus van der Vegte (Zwolle, 1803-1851), in leven kantoorbediende en commies der directe belastingen in Zwolle. Zijn moeder was Alida Klasina van Hulsbergen.  Ze behoorden tot de Hervormd Waalsche Gemeente. Beide ouders waren al overleden toen hij op 13-jarige leeftijd, 28 augustus 1858 ingeschreven werd op de Kweekschool voor de Zeevaart in Amsterdam. Zijn voogd was zijn oudste broer Zion van der Vegte (geboren 1833), telegrafist te Amsterdam op het Droogbak TT nr.49. (later benoemd tot Ridder in de Orde van de Ned. Leeuw) In het Comportementboek van de zeevaartschool werd ook zijn lengte vermeld: 150 duim.. (in die tijd stond duim voor een cm..) Het Comportementboek was het register waarin de Kweekschool voor de Zeevaart de vorderingen bijhield van de leerlingen tijdens hun verblijf op de school. Comportement is een frans woord, betekent “gedrag of manier waarop je de wereld tegemoet treedt”. Op verzoek van zijn voogd werd hij op 12 september 1858 geplaatst op de catechisatie bij de Waalsch Hervormde Gemeente te Amsterdam. Willem Levinus zal een trouwe catechisant geweest zijn want op 14 maart 1861 werd hij aangenomen “tot lidmaat der Waalsche Gemeente door dominee Guye”. (Victor Henri Guye kwam 23 juni 1850 naar Amsterdam). Op 22 juni 1861 werd hij als “Jongen” geplaatst op het schip “Theodora Mathilda” met gezagvoerder kapitein Boelhouwer. Hij maakte een reis van Amsterdam naar Batavia voor “Gagie fl 6,=” per maand. Daarna volgde nog een reis als lichtmatroos op de “Admiraal de Ruyter” voor een gage van fl 12,=. Voor beide reizen verkreeg hij een goed attest. Aan zijn cijfers te zien was het niet zo’n sterke leerling. (ze cijferden van 1 tot 5). Op 17 juni 1863 werd hij eervol ontslagen op de Zeevaartschool. Bekijk zijn rapport op de bladzijde in het Comportementboek! Vegte, Willem Levinus jvi 1858  (met dank aan H.de Ruiter, www.vok.nl)

Hij woonde op 12 september 1894 in Leiden in de Haarlemmerstraat 29a. In de BS. van Leiden staat vermeld dat hij 13 september 1894 op 49-jarige leeftijd in Leiden trouwde met Margaretha Elisabeth Poptie. (41 jaar, geboren 28 juli 1853 te Leiden, overleden 5 jan. 1937 te Nijmegen op 83-jarige leeftijd, dochter van Johannes Poptie en Susanna van der Lelie).  Als beroep werd toen vermeld: Gezagvoerder der koopvaardij. Hun huwelijk bleef kinderloos.

Kapitein van der Vegte vertrok op 19 december 1885 uit Rotterdam met stukgoed naar Java, waar hij op 1 april 1886 arriveert. Op 1 oktober 1886
vertrekt hij weer met de “Krimpen aan de Lek” met suiker en koffie en komt dan op 19 januari 1887 in Londen om te lossen. Vervolgens wordt te Cardiff steenkool ingenomen met afvaart op 29 april en aankomst te Batavia op 7 augustus 1887. Er is weer een retourreis tussen Indië en Engeland. In september 1888 gaat van der Vegte weer vanuit Java op huis aan. “Maar dan gaat het mis met haar; wanneer de “Krimpen aan de Lek” door het eilandengebied tussen Straat Soenda en Batavia vaart, raakt zij de grond, en de lekkage is zodanig dat zij op de Agnieten Eilanden of Maneter Eiland op strand moet worden gezet om zinken te voorkomen. Na lossing van het grootste deel van de kolen.. en voorlopige dichting van het lek, kan zij door naar Batavia voor lossing van het restant der lading en reparaties in het droogdok”.

Ook in 1890 had Kapitein Van der Vegte met de “Krimpen aan de Lek” nog een onfortuinlijke reis: met een lading hout van Zweden naar Australië liep het schip bij een zomerstorm in het Skagerrak zoveel schade aan tuig en zeilen op, dat zij Arendal moest binnenlopen om daar voor 1766 gulden 10 dagen te repareren.

De scheepsramp in maart 1902 is uitgebreid beschreven op de pagina van de “Krimpen aan de Lek. W.L. v.d. Vegte is toen schuldig verklaard en mocht een jaar niet meer varen op een Nederlands schip.

Van der Vegte overleed op 29 februari 1908 te Zutphen.